– การโคลนนิ่ง(cloning) ทำให้เกิดความไม่เป็นเอกลักษณ์ของสิ่งมีชีวิตที่เป็นตัวต้นแบบ
– การโคลนนิ่ง(cloning) ทำให้เกิดการขาดความหลากหลายทางชีวภาพ
– การโคลนนิ่ง(cloning) อาจทำให้การพัฒนาสายพันธุ์ที่ดีมีน้อยลงเพราะมีลักษณะเหมือนกันไปหมดไม่เปลี่ยนแปลง
– การโคลนนิ่ง(cloning) อาจทำให้มีวิวัฒนาการลดลง และอาจลดความอยู่รอดของเผ่าพันธุ์ได้(เพราะมีความเหมือนกันเป็นจำนวนมาก)
– การโคลนนิ่ง(cloning)มนุษย์ยังมีปัญหาด้านจริยธรรม เช่น อย่างในกรณีการปลูกถ่ายทดแทนอวัยวะของมนุษย์เพราะต้องทำการโคลนนิ่ง(cloning)คนที่เหมือนกันออกมาแล้วนำอวัยวะของโคลนนั้นมาปลูกถ่ายแทนที่อวัยวะคนที่เป็นต้นแบบ ซึ่งทำให้คนที่ถูกโคลนออกมามีอวัยวะไม่ครบ
–การโคลนนิ่ง(cloning) มีปัญหาในทางด้านกฎหมายในการพิสูจน์จำแนกผู้กระทำผิดในคดีต่างๆ โดยใช้การตรวจดีเอ็นเอ(DNA) เพราะโคลนมีดีเอ็นเอ(DNA) เหมือนกับคนต้นแบบทำให้ยากที่จะจำแนกได้ว่าคนที่เป็นต้นแบบหรือโคลนเป็นผู้กระทำผิด หรือแม้แต่ลักษณะรูปร่างหน้าตาที่เหมือนกันอาจทำให้พยานระบุผิดคน เป็นต้น
– การโคลนนิ่ง(cloning) ที่หากเกิดคัดสายพันธุ์ที่เป็นต้นแบบในการโคลนนิ่ง(cloning)ผิดหรือมีลักษณะที่ไม่ดีตามคาดอาจมีผลเสียอื่นตามมาทีหลังได้