แอลลีล หรือ อัลลีล (Allele) คือ รูปแบบของยีน(gene)ที่แสดงออกในแบบลักษณะต่างๆในลักษณะของทางพันธุกรรมหนึ่งๆ เช่น ยีน(gene)ควบคุมลักษณะทางพันธุกรรมสีของดอกไม้ชนิดหนึ่ง มียีนที่เป็นแอลลีล(allele)กัน(allelic gene) 2 รูปแบบ คือ แอลลีล(allele)ของยีน(gene)ที่แสดงลักษณะสีแดงในดอกไม้ชนิดนั้น กับ แอลลีล(allele)ของยีน(gene)ที่แสดงลักษณะสีขาวในดอกไม้ชนิดนั้น
โดยทั่วไปยีน(gene)จะมีแอลลีล(allele)อยู่ 2 รูปแบบ แต่ถ้ายีน(gene)มีแอลลีล(allele)มากกว่า 2 รูปแบบ เช่น 3 หรือ 4 รูปแบบ จะถูกเรียกว่า มัลติเปิลแอลลีลส์ หรือ มัลติเปิลอัลลีลส์ (multiple alleles)
ยีนที่เป็นแอลลีลกัน(allelic gene) คือ ยีน(gene)ที่เข้าคู่กันได้ในการควบคุมลักษณะทางพันธุกรรมหนึ่งๆ ซึ่งยีน(gene)ที่เข้าคู่กันนี้มักเป็นยีน(gene)ที่อยู่บนตำแหน่งเดียวกันของโครโมโซมที่เป็นคู่กัน(Homologous Chromosome) ส่วนยีน(gene)ที่ควบคุมการแสดงออกต่างลักษณะกันจะไม่เป็นแอลลีล(allele)กันหรือไม่เข้าคู่กัน